Sultan III. Selim, daha önce de belirttiğimiz gibi, Niza-m-ı Cedid’e (Yeni ordu demektir) çok önem veriyor, Osmanlı Devletinin her tarafına yayılmasına çalışıyordu. Akkâ’da üç bin Nizam-ı Cedid askerinin gösterdiği gayreti iyiye yormuştu.
Gerçekten de büyük bir gayretle savaşmışlardı. Ama Akkâ’da gayretle savaşmayan kimdi ki? Herhalde bu büyük zaferi üç bin Nizam-ı Cedid’in kazanması mümkün değildi. Yeniçeriler de en az onlar kadar canla başla çarpışmış, eski zaferleri andıran Akkâ zaferinde inkâr edilemeyecek kadar önemli bir rol oynamışlardı. Padişahın bunları görmeyerek Akkâ başarısını sadece Nizam-ı Cedid’in zaferi sayması, yeniçerileri üzüyordu. Araya bazı kötü niyetli, evhamlı kişiler de girmişti.
Çeşitli sebeplerle yeniçerileri kıskandırıyor ve kışkırtıyorlardı. Bunun sonucu olarak, başta Tekirdağ olmak üzere, Rumeli’de yeniçeriler ayaklanmaya başlamışlardı. Yumuşak başlı Padişah, şiddete yönelmek istemiyordu. Kardeş kanı akmasına taraftar değildi. “Etfal ve aceze-i nisvan pâymâl olur” (yani, çocuklar ve yaşlı kadınlar zarar görür) diyordu.
Ve sürekli olarak isyanı bastırmakla görevli paşalarına fermanlar gönderip kan akıtmaktan kaçınmalarını emrediyordu. Tabiî, bu durumda isyan genişliyor,yeniçerilere karışan kötü niyetliler daha beter, şımarıp, onlara,
“Bakın, Nizam-ı Cedid şecaatiniz karşısında tutunamaz, biraz daha yüklenirseniz Padişahı bu sevdadan vaz-geçirip devleti Nizam-ı Cedid belâsından kurtarırsınız” diyorlardı.
İşi o kadar ileri götürdüler ki, Rumeli’de bulunan bazı şehirlerde Padişahın adı anılmamaya başlandı. Hutbelerde dahi ismi okunmuyordu. Durum İstanbul’da duyulunca halk galeyana geldi. Padişah isyancıların üzerine eski Si-listre Valisi Eğribozlu İbrahim Paşa ile Serez Ayanı İsmail Beyi göndermek zorunda kaldı. İsyanı bastırmakta ağır davranan Sadrazam Hafız İsmail Paşanın yerine de İbrahim Hilmi Paşayı getirdi (14 Kasım 1806). Böylece bir sürü karışıklığa sebebiyet verdikten sonra isyan önlenebildi.