Ağrı dağı yalnız coğrafya yönünden değil, adının efsanelere karışması yönünden de ün kazanmıştır. Bütün din kitaplarında anlatılan bir hikayeye göre, çok eski çağlarda yeryüzü korkunç bir su baskını (Nuh tufanı) na ığramıştır. Nuh peygamber tufandan kurtulmak için, eşlerini, üç oğlunu ve yeryüzündeki bütün yaratıklardan birer çifti alarak, kendi eliyle yaptığı gemiye sığınır. Kırk gün kırk gece süren tufandan sonra, Nuh’un gemisi Cudi dağının doruğuna oturur. İçindekiler de ölümden kurtulur. Gemiye alınmayan bütün canlılar ise, tufandan boğulur. Böylece yeryüzünde hayatın devamı sağlanmış olur.
Bu efsaneyi bilim yönünden de gerçeğe uygun sayanlar vardır. Bu yüzden, Ağrı dağı ve Nuh efsanesi bütün dünya uluslarını ilgilendirmektedir.
Son yıllarda sık sık dağa tırmanan bilgilenler, Nuh’un gemisinin yerini ve geminin kalıntılarını araştırmaktadırlar.
11 eylül 1959’da harita Yüzbaşısı İlhan Durupınar, doğu bölgelerinin havadan çekilmiş fotometrik haritalarını incelerken Ağrı dağı üzerinde bir şekil görmüş, bu şeklin Nuhun gemisinin kalıntısı olabileceği sanılmıştır. Ne var ki yapılagelmekte olan araştırmalar, henüz böyle bir geminin, gerçekten Ağrı dağının tepesine oturduğunu doğrulayacak bir sonuca ulaşmış değildir.