Çanakkale ilinden Marmara denizine dökülen akarsuların en önemlisi Kocabaş Çayıdır. Bu çay Karabiga’nın güneydoğusunda Marmara denizine dökülür. Büyük kısmı Balıkesir ili şuurları içinde bulunan Gönen Çayının yukarı ve aşağı mecraları Çanakkale ilindedir.
Çanakkalenin öteki önemli akarsuları Çanakkale Boğazına dökülür. Bunlar arasında en uzunu Eski Menderes Çayı’dır. Doğu -batı doğrultusunda akan bu çay, Bayramiç ve Ezine ovalarından geçtikten sonra kuzeybatıya kıvrılır, Kumkale yakınlarında Çanakkale Boğazı’na dökülür. Boğaza dökülen diğer önemli sular Kepez ve Burgaz dereleri ile Çanakkale şehrinin yanıbaşında denize varan Sarıçay (Kocaçay) dır.
Ege’ye dökülen önemli su yoktur.
