Üsküp’te bulunan çok sayıda camiden biri de, Eski Çarşı’run ortasında, Serava ırmağı üzerinde bulunan Murat Paşa Camii’dir. Caminin karşısında, görkemli bir kültür anıtı olan İsa Bey Çifte Hamamı yer alır. Camiye bitişik olarak çok sayıda dükkân inşa edilmiştir. Bu dükkânlar cami ile birlikte, içine her yandan girilebilen bir külliyeyi meydana getirir. Cami avlusunda 1937 yılında inşa edilen, iyi korunmuş, bir şadırvan bulunmaktadır.69 Fakat sözü edilen şadırvandan daha ilgi çekici olan, şadırvanın yanı başında bulunan, bir zamanki cami mezarlığı kalıntılarıdır. Aslında söz konusu olan günümüze ulaşabilen üç mezar taşıdır: Bunlardan biri 1741 yılına, ikincisi 1 790 yılına aittir; üçüncüsünün tarihi ise okunamamaktadır.
Barok üslûbuna özgü öğelerin göze çarptığı Murat Paşa Camii’n’m mimarisi yalındır. Caminin sağ yanında uzun bir minare yükselir; üslûbuna ve inşaat tarzına bakılacak olursa başka, daha eski bir döneme ait olduğu ve günümüzde mevcut olan caminin inşaat tarzından farklılık gösterdiği söylenebilir.
Caminin cümle kapısı üzerinde, taşa kazılmış, Osmanlı Türkçesi ile yazılmış (manzum) bir kitabe bulunmaktadır
