Sultan IV. Mustafa’nın yönetiminden memnun olmayanlar, Alemdar Mustafa Paşanın liderliğinde ayaklanmıştı. Rusçuk’tan kalabalık ordusuyla istanbul üzerine yürüyen Alemdar Mustafa Paşa, Sultan IV. Mustafa’yı tahttan indirmişti. Fakat IV. Mustafa taraftarları o sırada eski padişah III. Selim’i öldürmüşlerdi. Hayatta bulunan tek şehzade olan Mahmud’u da öldürmek istiyorlardı! Böylece taht Sultan IV. Mustafa’ya kalacaktı.
Fakat Şehzade Mahmud’u öldüreme-diler. Şehzade Mahmud, kendisini seven yardımcılarının çabasıyla kaçırıldı. Katiller onu bulamadılar.
Ama Alemdar Mustafa Paşa, Sultan Selim’i tahta çıkarmak için tâ nerelerden gelmişken Sultan III. Selim’in cesediyle karşılaştı. Üstüne kapanıp ağlarken, yanına birini getirdiler. Dönüp Rumeli şivesiyle sordu:
“Abe, bu da kimdir?”
Hafız İsa isimli saray hizmetlisi cevap verdi:
“Sultan Mahmud Efendimiz budur. Hilâfet nöbeti onundur. Ben biat eyledim; bu hayırlı işin tamamlanması sana kalmıştır, Paşa Hazretleri.”
Bunun üzerine Alemdar Mustafa Paşa, II. Mahmud’un eteğini öptü ve padişahlığım kutladı.
“Berhudar ol Paşa,” diye konuştu yeni padişah, “ben şimdi katilleri buldurup sana gönderirim. Sen askerini dağıt. Silâhlarmi çıkar ve Hırka-i Şerif dairesine gel. Görüşeceklerimiz vardır.”
Alemdar Mustafa Paşa emre uydu. Bütün silâhlarını çıkardı. Belinde sadece vaktiyle Sultan III. Selim’in hediye ettiğimurassa hançer kaldı.Yeni padişah da o kadarına izin verdi. Paşayı kendisine sadrazam tayinetti (28 Temmuz 1808).
Artık sıra karışıklığı bastırıp düzeni sağlamaya gelmişti, yeni padişah kısa süre içinde bunu da başaracaktı.